Rintisan penyelenggaraan Program Pascasarjana UIN SGD Bandung sudah dilakukan sejak tahun 1989. Selanjutnya, berdasarkan surat nomor IN.10/PP.00.9/0864/1996 tanggal 15 November 1989 IAIN Sunan Gunung Djati Bandung mengirim surat permohonan pendirian PPs kepada Menteri Agama.

Sesuai dengan persetujuan Dirjen Pendidikan Tinggi Depdikbud tertanggal 10 Maret 1997 Nomor 455/D/T/1997, maka melalui Surat Keputusan Menteri Agama Nomor 139 Tahun 1997 yang ditetapkan pada tanggal 26 Maret 1997, IAIN Sunan Gunung Djati Bandung diizinkan untuk menyelenggarakan Program Magister (S2) Ilmu Agama Islam.

Pada 19 April 2004, berdasarkan SK Dirjen Bagais tentang izin pendirian jenjang S3 untuk Program Studi Hukum Islam dan Pendidikan Islam diterima dan kedua program studi tersebut dibuka. Pada tahun 2009, Program PAscasarjana UIN SGD Bandung membuka prodi Studi Agama-Agama (Religious Studies) untuk program magister dan doktor.

Sejak tanggal 29 Desember 2011 terbit Surat Keputusan Dirjen Pendidikan Islam Nomor: Dj. /187/2011 tentang pembukan Program Studi Filsafat Agama jenjang S3. Pada tanggal 11 April 2013 terbit Surat Keputusan Dirjen Pendidikan Islam nomor 868 tahun 2013 tentang perpanjangan izin penyelenggaraan Program Studi Perbandingan Agama (S3).

Perubahan nomenklatur dan perkembangan jumlah program studi di Program Pascasarjana UIN SGD Bandung berlangsung relatif cepat. Program Studi Ilmu Agama Islam digantikan dengan program studi baru. Hal ini diikuti dengan bertambahnya minat para mahasiswa untuk menempuh studi.

Pada tanggal 31 Agustus 2012, terbiit Surat Keputusan Dirjen Pendidikan Islam nomor 1424 tahun 2012. SK tersebut menjadi payung hukum bagi Program Studi Pendidikan Agama Islam dan Hukum Keluarga (Ahwal Syakhshiyyah) jenjang S2 untuk dibuka.

Setahun kemudian, tepatnya pada tanggal 25 Juli 2013, terbit Surat Keputusan Dirjen Pendidikan Islam nomor 2084 tahun 2013 tentang izin pembukaan Program Studi Manajemen Pendidikan Islam, Imu Al-Qur’an dan Tafsir, Ilmu Hadits, Pendidikan Bahasa Arab, Komunikasi dan Penyiaran Islam, dan Hukum Ekonomi Syari’ah (Muamalah).

Pada tanggal 13 Maret 2014, Program Magister Studi Sejarah dan Kebudayaan Islam (SKI) jenjang S2 mendapatkan ijin untuk dibuka, dengan terbitnya Surat Keputusan Dirjen Pendidikan Islam nomor 1460 tahun 2014. Sebagai konsentrasi, SKI awalnya berada di bawah Program Studi Ilmu Agama Islam, namun dengan keluarnya SK tersebut, SKI kini menjadi program studi sendiri.