Program Magister SAA menghasilkan lulusan yang dapat bekerja sebagai Penyuluh Agama dalam bidang toleransi dan perdamaian.  Lulusan disiapkan untuk menjadi Penyuluh Agama yang akan berkontribusi bagi masyarakat khususnya pada Lembaga Pemerintahan (Kementerian Agama, Kementerian Sosial, Kementerian Pendidikan dan Kebudayaan, dan Lemhanas), Lembaga Penelitian dan Pusat Studi yang concern terhadap Studi Agama dan Sosial Keagamaan (baik di lingkungan kampus maupun di masyarakat luas), Lembaga Swadaya Masyarakat yang memiliki kepedulian terhadap isu studi agama, hubungan antar agama, dan sosial keagamaan seperti Forum Kerukunan Umat Beragama (FKUB), DIAN-Interfidei (Dialog Antar Iman), Pusat Kerukunan Umat Beragama (PKUB), dan Lembaga Pendidikan dan Lembaga Sosial dan Keagamaan baik pemerintah maupun swasta.

Selain itu, mereka juga memiliki kompetensi tambahan sebagai Peneliti dan Peace Worker. Selama kuliah di Prodi, mahasiswa akan dibekali dengan berbagai kompetensi akademik, seperti kemampuan komunikasi, kemampuan pemecahan masalah dan konflik, kemampuan presentasi dan public speaking, kemampuan memberikan konsultasi dan mediasi, kemampuan manajemen keberagaman, serta pemahaman yang mendalam akan nilai-nilai toleransi dan perdamaian dalam kaitannya dengan kehidupan sosial dan kemasyarakatan.

Selain itu, mereka juga akan dibekali dengan keterampilan tambahan dalam bidang penelitian dan bidang mediasi perdamaian. Adapun personal skill yang dimiliki mahasiswa setelah menyelesaikan studinya yaitu berupa kemampuan berpikir ilmiah, bekerja mandiri, bekerjasama, mengambil keputusan, dan mengkomunikasikan ide dengan jelas. Untuk dinyatakan lulus, mahasiswa harus mampu menyelesaikan 64 SKS yang ekuivalen dengan 92,16 ECTS dalam waktu selambat-lambatnya 8 semester.

Meski demikian Prodi Magister SAA mendorong mahasiswa untuk menyelesaikan 92,16 ECTS tepat 4 semester untuk memperoleh kelulusan tepat waktu. Kurikulum yang disajikan telah sesuai dengan KKNI level 8 (Master), yakni:

1. Menghasilkan lulusan yang mampu mengkomparasikan berbagai teori Studi Agama Agama dalam bidang toleransi dan perdamaian dari berbagai perspektif dan tujuan praktisnya;
2. Menghasilkan lulusan yang mampu menerapkan model pendekatan penyuluhan baik inter maupun multidisipliner dalam menjalankan tugas sebagai Penyuluh Agama dalam bidang toleransi dan perdamaian, sehingga mereka bisa diterima di berbagai kalangan masyarakat dengan berbagai latar belakang dan keberagamaaan yang berbeda;
3. Menghasilkan lulusan yang mampu menghasilkan produk-produk penelitian yang terpublikasikan di berbagai jurnal terakreditasi nasional dan mendapatkan pengakuan sebagai Kekayaan Intelektual yang tersertifikasi nasional.